Natanael Siringoringo mengawali karier profesional di PSMS Medan pada tahun 2019. Setelahnya, ia merantau ke pulau Sulawesi dengan memperkuat Sulut United setahun kemudian.

Hanya saja, karier Natanael bersama Sulut United tidak berlangsung lama lantaran kompetisi Liga 2 tidak berlangsung lama karena pandemi.

Natanael kemudian mendapat kesempatan bermain di Liga Malaysia dengan memperkuat TRW Kelantan FC pada tahun 2021. Dia bermain satu setengah tahun di kompetisi Liga 2 Malaysia dan mencetak 5 gol serta 4 assist.

Natanael juga beberapa kali mendapat panggilan Timnas Indonesia. Ia pernah dipanggil untuk pelatnas Timnas U-22 tahun 2019 dan Timnas senior tahun 2021 era Shin Tae-yong.

Kehadiran Natanael Siringoringo memang menambah opsi di lini serang Dewa United di Liga 1. Hal tersebut lantaran ia mampu bermain di dua posisi berbeda yaitu gelandang serang serta penyerang sayap.