Saat memperkuat Persija Jakarta, Pedro Javier ditandemkan dengan Bambang Pamungkas dan Aliyudin. Di musim pertamanya Pedro mengantarkan Macan Kemayoran finis diurutan kelima dengan mengoleksi 52 poin.

Total Pedro Javier mengumpulkan 22 gol dari 42 pertandingan yang dijalani bersama Persija dari berbagai kompetisi. Jumlah yang cukup baik untuk Pedro.

Yang paling spesial, Pedro Javier sukses mencetak gol tercepat sepanjang sejarah Liga Indonesia. Ia mencetak gol ke gawang PSAP Sigli saat laga baru berjalan 11,24 detik.

Saat itu Persija Jakarta berhasil mendulang kemenangan telak dengan skor 5-1 di kompetisi Indonesia Super League (ISL) 2011-2012.

Sepakan kaki kanan pemain kelahiran kota Paraguari, Paraguay, 13 Mei 1983, itu bersarang di pojok kanan gawang kiper PSAP Sigli bernama Fakhrurrazi.

Hingga kompetisi berganti menjadi Liga 1 dan menyelesaikan musim 2022-2023, rekor gol tercepat tersebut masih belum ada yang bisa meyalipnya.

Hanya David da Silva yang hampir menyamai rekor Pedro Javier. Striker Persib Bandung tersebut mencetak gol ke gawang PSM Makassar di Liga 1 2021-2022 saat laga baru berjalan 12 detik.

Sementara itu, Perdo Javier memutuskan hengkang dari Persoja Jakarta pada Juni 2013. Ia langsung bergabung klub Kolombia, Fortaleza FC.

Namun performanya mengalami penurunan dan akhirnya kembali ke Indonesia dan menerima tawaran gabung ke Gresik United.

Pedro Javier hanya membuat empat gol saja dari 10 pertandingan dan mengantarkan Gresik United finis di posisi kesembilan wilayah barat dengan 21 poin.

Di 2015, Pedro Javier dikontrak oleh Persela Lamongan tetapi hanya mencetak empat gol dari 16 partai yang dijalani diberbagai kompetisi. Karena pada tahun yang sama PSSI dibekukan FIFA.